Actualmente, los vuelos domésticos en Guatemala están muy limitados. Los únicos vuelos que son programados de forma regular viajan entre Ciudad de Guatemala y Flores, con un tiempo de vuelo de unos 45 minutos. Sin embargo, constantemente hay mejoras en los aeropuertos de todo el país, incluídos los de Quetzaltenango, Huehuetenango, Retalhuleu, y Puerto San José, y se espera que haya una buena red de vuelos locales en los próximos años.
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La única aerolínea con servicio doméstico en Guatemala es TACA, la cual opera a través de una compañía privada en el Aeropuerto Internacional La Aurora en Ciudad de Guatemala (GUA). La mayoría de los vuelos entre Ciudad de Guatemala y Flores se realizan en avionetas, y los boletos pueden ser costosos. A pesar de eso, los vuelos domésticos pueden ser una buena opción para viajeros con un marco de tiempo limitado.